Investigación traslacional en microbioma (InTraMic): un área de interés común y creciente en el IMTIB, Hospital Italiano e Instituto Universitario / Translational research in microbiome (InTraMic): an area of common and growing interest at IMTIB, Hospital Italiano and Instituto Universitario

Se estima que aproximadamente 100 trillones de microorganismos (incluidos bacterias, virus y hongos) residen en el intestino humano adulto y que el total del material genético del microbioma es 100 veces superior al del genoma humano. Esta comunidad, conocida como microbioma se adquiere al momento del nacimiento a través de la flora comensal de la piel, vagina y heces de la madre y se mantiene relativamente estable a partir de los dos años desempeñando un papel crítico tanto en el estado de salud como en la enfermedad. El desarrollo de nuevas tecnologías, como los secuenciadores de próxima generación (NGS), permiten actualmente realizar un estudio mucho más preciso de ella que en décadas pasadas cuando se limitaba a su cultivo. Si bien esto ha llevado a un crecimiento exponencial en las publicaciones, los datos sobre las poblaciones Latinoamérica son casi inexistentes. La investigación traslacional en microbioma (InTraMic) es una de las líneas que se desarrollan en el Instituto de Medicina Traslacional e Ingeniería Biomédica (IMTIB). Esta se inició en 2018 con la línea de cáncer colorrectal (CCR) en una colaboración con el Colorectal Cancer Research Group del Leeds Institute of Medical Research en el proyecto Large bowel microbiome disease network: Creation of a proof of principle exemplar in colorectal cancer across three continents. A fines de 2019 se cumplió el objetivo de comprobar la factibilidad de la recolección, envío y análisis de muestras de MBF en 5 continentes, incluyendo muestras provenientes de la Argentina, Chile, India y Vietnam. Luego de haber participado de capacitaciones en Inglaterra, se ha cumplido con el objetivo de la etapa piloto, logrando efectivizar la recolección, envío y análisis metagenómico a partir de la secuenciación de la región V4 del ARNr 16S. En 2019, la línea de enfermedad de hígado graso no alcohólico se sumó a la InTraMic iniciando una caracterización piloto en el marco de una colaboración con el laboratorio Novartis. Los resultados de ese estudio, así como el de cáncer colorrectal, están siendo enviados a publicación. En 2020, con la incorporación de la línea de trasplante alogénico de células progenitoras hematopoyéticas, fue presentado un proyecto para un subsidio del CONICET que ha superado la primera etapa de evaluación. En el presente artículo se brinda una actualización sobre la caracterización taxonómica de microbioma y se describen las líneas de investigación en curso. (AU)

It is estimated that approximately 100 trillion microorganisms (including bacteria, viruses, and fungi) reside in the adult human intestine, and that the total genetic material of the microbiome is 100 times greater than that of the human genome. This community, known as the microbiome, is acquired at birth through the commensal flora of the mother's skin, vagina, and feces and remains relatively stable after two years, playing a critical role in both the state of health and in disease. The development of new technologies, such as next-generation sequencers (NGS), currently allow for a much more precise study of it than in past decades when it was limited to cultivation. Although this has led to exponential growth in publications, data on Latin American populations is almost non-existent. Translational research in microbiome (InTraMic) is one of the lines developed at the Instituto de Medicina Traslacional e Ingeniería Biomédica (IMTIB). This started in 2018 with the Colorectal Cancer Line (CRC) in a collaboration with the Colorectal Cancer Research Group of the Leeds Institute of Medical Research in the project "Large bowel microbiome disease network: Creation of a proof of principle exemplar in colorectal cancer across three continents". At the end of 2019, the objective of verifying the feasibility of collecting, sending and analyzing MBF samples on 5 continents, including samples from Argentina, Chile, India and Vietnam, was met. After having participated in training in England, the objective of the pilot stage has been met, achieving the collection, delivery and metagenomic analysis from the sequencing of the V4 region of the 16S rRNA. In 2019, the non-alcoholic fatty liver disease line joined InTraMic, initiating a pilot characterization in the framework of a collaboration with the Novartis laboratory. The results of that study, as well as that of colorectal cancer, are being published. In 2020, with the incorporation of the allogeneic hematopoietic stem cell transplantation line, a project was presented for a grant from the CONICET that has passed the first stage of evaluation. This article provides an update on the taxonomic characterization of the microbiome and describes the lines of ongoing research. (AU)

Factores ambientales que influyen en la ictiofauna de la laguna La Mancha, sitio Ramsar, Golfo de México / Environmental factors influencing the ichthyofauna of the La Mancha lagoon, Ramsar site, Gulf of Mexico

Resumen La laguna La Mancha en el Golfo de México, es un sistema costero con categoría Ramsar por su alta biodiversidad, numerosas especies de peces dependen de el para realizar sus ciclos de vida. Fue analizada la variación espacial y temporal de la diversidad, abundancia y asociaciones de peces y su relación con los factores fisicoquímicos. Entre abril de 2005 y enero de 2008, se realizaron 95 muestreos diurnos en siete sitios donde se registraron las características del agua y la composición de la comunidad de peces. El sistema presentó variaciones espacio temporales de los parámetros físicoquímicos, definiendo ambientes contrastantes de acuerdo con los gradientes locales. Se recolectaron 5 974 individuos, pertenecientes a 50 especies, 39 géneros y 25 familias, cuatro especies son registros nuevos para el sistema. La diversidad y riqueza de especies fueron altas en el ambiente salobre y bajos en zonas dulceacuícolas. En septiembre (lluvias) y noviembre (nortes) la diversidad (H' = 1.52) y riqueza (D = 1.99) fue más alta. La abundancia de los peces fue mayor hacia la boca de conexión con el mar. La densidad y biomasa (1.17 indiv./m2, 4.33 g/m2) fue mayor en abril (secas) y el peso promedio (30.82 g/ind) en julio (lluvias). El Índice de Valor de Importancia (IVI) definió cuatro especies dominantes que representan el 75 % de la abundancia numérica y el 46 % de la captura total en peso. El Análisis de Correspondencia Canónica (ACC) mostró que la relación peces-hábitat fue explicada en un 57 % de la varianza total para los primeros dos ejes, donde las variaciones de temperatura, salinidad, oxígeno disuelto y profundidad fueron los factores ambientales que determinaron la composición, distribución, componentes comunitarios y categorías tróficas de los peces en la comunidad. Este estudio aporta información sobre la relación del ambiente con la estructura de la comunidad íctica de La Mancha, y representa una base para realizar monitoreo ecológico que permita incrementar el conocimiento necesario sobre el ecosistema y sus poblaciones de peces, con la finalidad de proponer estrategias de manejo para la conservación de los recursos pesqueros de Veracruz.

Abstract La Mancha lagoon in the Gulf of Mexico, is a coastal system with Ramsar category because of its high biodiversity, many species of fish depend on it to complete their life cycles. In this study we analyzed the spatial and temporal variation of fish diversity, abundance and associations, and its relationship with physicochemical factors. Between April 2005 and January 2008, 95 daytime samplings were carried out at seven sites, where water characteristics and the composition of fish community were recorded. The system presented spatial-temporal variations of the physicochemical parameters, defining contrasting environments according to the local gradients. A total of 5 974 fish individuals, belonging to 50 species, 39 genera and 25 families were collected; four species were new records for the system. The diversity and richness of species were high in the brackish environment and low in freshwaters areas. In September (rainy season) and November ("nortes" season), diversity (H' = 1.52) and richness (D = 1.99) were highest. Fish abundance was greater towards the mouth connecting with the sea. The density and biomass (1.17 ind/m2, 4.33 g/m2) was higher in April (dry season) and the average weight (30.82 g/ind) in July (rainy season). The Importance Value Index (IVI) defined four dominant species representing 75 % of the numerical abundance and 46 % of the total catch in weight. The Canonical Correspondence Analysis (CCA) showed that the fish-habitat relationship was explained in 57 % of the total variance for the first two axes, where the variations in temperature, salinity, dissolved oxygen and depth were the environmental factors that determined the composition, distribution, community components and trophic categories of the fish community. This study provides information on the relationship between the environment and the structure of the fish community in La Mancha, and represents a basis for ecological monitoring to increase the knowledge needed about the ecosystem and fish populations, in order to boost management strategies for the fishery resources conservation in Veracruz. Rev. Biol. Trop. 66(1): 246-265. Epub 2018 March 01.

Copépodos epipelágicos en Bahía Cupica, Pacífico colombiano: composición de especies, distribución y variación temporal / Epipelagic copepods in Bahía Cupica, Colombian Pacific: species composition, distribution and temporal variation

Resumen: Los cambios en la composición y abundancia de las especies de copépodos a escala espacial y temporal, ayudan a comprender el funcionamiento de los ecosistemas y de cómo la dinámica oceanográfica afecta su variación. Debido a los pocos estudios de este grupo en zonas costeras del Pacífico colombiano, se estudiaron los cambios en la distribución espacial y temporal de la comunidad de copépodos de Bahía Cupica, durante diciembre 2012 y febrero 2013. Se realizaron arrastres oblicuos en 22 estaciones a lo largo de seis transectos perpendiculares a línea de costa, durante dos periodos oceanográficos contrastantes, usando una red bongo (30 cm de diámetro, 2.1 m de largo, con mallas de 250 µm y 500 µm) equipada con un flujómetro. Los resultados mostraron cambios significativos en las condiciones oceanográficas y en el patrón de circulación superficial. Se identificaron en total 52 especies de copépodos de las cuales 35 son nuevos registros para el Pacífico colombiano. La mayor abundancia se presentó durante febrero 2013 (28 604 ind. 100 m-3), con una prevalencia de especies de pequeña talla en los dos periodos. Durante diciembre 2012 se registró una mayor abundancia de especies del orden Poecilostomatoida (58.2 %), y durante febrero 2013 por especies del orden Calanoida (69.5 %). Se identificaron cinco agrupaciones significativas con diferente estructura y composición de especies, tres en diciembre 2012, y dos durante febrero 2013, dividiendo la bahía en diferentes zonas. La estructura del ensamblaje de copépodos presentó una correlación positiva con la temperatura en ambos periodos, siendo mayor durante diciembre 2012. Los resultados sugieren que la zona nerítica del norte del Pacífico colombiano se ve modulada por procesos de surgencia, el patrón de circulación superficial local y la descarga de agua continental de la región, lo que determina la estructura y composición del ensamblaje de copépodos, además de cambios significativos en la abundancia de las especies. Los resultados son útiles para entender la estructura de la comunidad de copépodos, y los estudios futuros deberían intentar examinar otras variables (e.g. el efecto de la disponibilidad de alimento y la concentración de oxígeno disuelto) para mejorar el entendimiento de la estructura de copépodos en la región costera del Pacífico colombiano.

Abstract: The study of changes in abundance and composition of copepod species, at different temporal and spatial scales, help to understand the ecosystems function and how the oceanographic dynamics affects their variability and other resources abundances. Since very few studies have been developed on this group in Colombian Pacific coastal areas, the purpose of this study was to assess the spatial and temporal changes in the copepods community distribution at Cupica Bay, between December 2012 and February 2013. For this, oblique plankton hauls were performed along six transects perpendicular to the coast, in 22 stations, using a Bongo Net (30 cm diameter, 2.1 m large, with mesh size 250 µm and 500 µm) equipped with a flowmeter, during two contrasting oceanographic periods. The results showed significant changes in oceanographic conditions and superficial circulation patterns. Fifty two (52) copepods species were identified, from which thirty five (35) were new records for the Colombian Pacific. The biggest copepod abundance was recorded in February 2013 (28 604 ind. 100 m-3), and small copepods species were the most dominant. During December 2012, species of the order Poecilostomatida were the most abundant (58.2), but during February were the species of the order Calanoida (69.5 %). The community structure and species composition was characterized by five significant groups, three groups during December 2012 and two during February 2013, dividing the bay in different zones. A positive correlation between temperature and copepods assemblages was evident during both periods, but stronger during December 2012. The results suggested that community structure and species composition of resident copepods in North Colombian Pacific neritic zones, are modelled by the intensity of upwelling, superficial local pattern circulation, and continental freshwater discharges in the region. The results are helpful to understand the copepods community structure, and the future studies should attempt to examine other variables (e.g. effect of food available and oxygen concentration dissolved) to improve understanding of copepods structure in the Pacific coast region of Colombia. Rev. Biol. Trop. 65 (3): 1046-1061. Epub 2017 September 01.

The contribution of environmental factors to fish assemblages in the Río Acahuapa, a small drainage in Central America

The ichthyofauna of the Río Acahuapa was analyzed sampling 17 sites that included the basin main channel and its tributaries. Fish were collected using dip-nets, seine-nets and electrofishing. Fish standard length and species abundance were recorded. Species origin and salinity tolerance criteria were used to classify fish species. Water physicochemical variables, habitat structure and sampling sites elevation were recorded. A total of 33 fish species were registered, 12.1% are primary, 45.5% are secondary and 42.4% are of marine derivation. Fish species richness declined with increase of elevation (R2=0.55, p=0.0006). Two assemblages of fishes were identified: the first one associated to sites of low elevations (19-184 masl), composed mainly of secondary and marine-estuarine fish species related with high temperature, water velocity, river width, dissolved oxygen and low sand and silt substrate cover; the second one associated to sites of middle and higher elevations (185-519 masl), composed by primary and secondary freshwater fishes related with high pH, logs and rocks substrate cover. In summary, elevation and environmental variables contributed to the composition and distribution of fish in the Río Acahuapa.(AU)

La ictiofauna del Río Acahuapa fue analizada en 17 sitios que incluyen el canal principal de la cuenca y sus tributarios. Los peces fueron recolectados utilizando chinchorros, redes de mano y electropesca. Se registró la longitud estándar y la abundancia por especie. El criterio de origen y tolerancia a la salinidad de las especies fue utilizado para clasificar a los peces. Las variables fisicoquímicas del agua, estructura del hábitat y elevación se registraron en cada sitio. Un total de 33 especies fueron registradas, cuyo 12.1% son primarias, 45.5% secundarias y 42.4% son de derivación marina. La riqueza de especies de peces disminuyó con el aumento de la elevación (R2=0.55, p=0.0006). Dos ensamblajes de peces fueron identificados: el primero está asociado con sitios de bajas elevaciones (19-184 msnm), compuesto principalmente de especies de peces secundarias y marino-estuarinas relacionadas con altas temperaturas, velocidad del agua, ancho de río, oxígeno disuelto y baja cobertura de sustrato de arena y limo; el segundo está asociado con sitios de mediana y alta elevación (185-519 msnm), compuesto por peces dulceacuícolas primarios y secundarios relacionados con altos valores de pH y cobertura de sustrato de troncos y rocas. Se determina que la elevación y las variables ambientales contribuyen a la composición y distribución de peces en el Río Acahuapa.(AU)

Variación espacio-temporal de la ictiofauna del Parque marino Xel-Há, Caribe mexicano y su relación con parámetros fisicoquímicos / Spatio-temporal variation of the ichthyofauna in Xel-Ha, Mexican Caribbean Marine Park and its relationship to physico-chemical parameters

Resumen:Xel-Há es un parque ecoturístico marino donde no se permite ningún tipo de extracción de flora o fauna. Una de las principales atracciones turísticas en este parque son los peces de arrecife, no existiendo trabajos publicados sobre la comunidad íctica para este sitio. En este estudio se analizó la variación espacio-temporal de la comunidad íctica en diferentes zonas del parque marino Xel-Há. Para ello, se realizaron censos visuales durante un año en 21 transectos fijos de 100x5 m, distribuidos en cinco zonas del parque: "Bocana", "Centro", "Brazo Norte", "Cueva" y "Río", que incluyen la bocana del mar, canales de manglares y un sitio con aportes de agua dulce. Para caracterizar la comunidad de peces, se estimaron los descriptores ecológicos: riqueza de especies, diversidad, abundancia y densidad a partir del promedio de los censos y se compararon entre zonas y tres temporadas (lluvias, "nortes" y secas). El grado de similitud entre zonas y temporadas se evaluó mediante un análisis de escalamiento multidimensional no métrico. El reemplazo en la composición de especies entre temporadas fue determinado con la presencia-ausencia de peces. Además, se aplicó un análisis de componentes principales para evaluar si las variables fisicoquímicas como temperatura, salinidad y concentración de oxígeno disuelto influyen en la variación de las comunidades de peces. Se registró un total de 22 641 individuos que correspondieron a 63 especies, siendo "nortes", la temporada donde se presentó la mayor abundancia (7 991 organismos). Las especies mejor representadas basados en su abundancia total y frecuencia de aparición fueron: Haemulon sciurus, H. flavolineatum, Lutjanus griseus, Acanthurus coeruleus, Abudefduf saxatilis y Gerres cinereus. La diversidad incrementó de lluvias a secas y comparando entre zonas la riqueza de especies y diversidad fue menor en "Río". Entre temporadas, el 54 % de las especies fueron residentes durante todo el año; se observaron cuatro especies exclusivas para lluvias y tres para secas. La diversidad fue el único descriptor que permitió observar variación entre temporadas. El oxígeno disuelto fue la variable que más influyó en la variación de la comunidad de peces entre zonas. El parque Xel-Há, alberga cerca del 20 % de la biodiversidad de peces reportada para el Caribe mexicano y la predominancia de juveniles de varias especies confirma su importancia como sitio de crianza.

Abstract:Xel-Ha is a private marine park where the extraction of flora and fauna is not allowed. Here, reef fish are one of the main touristic attractions, but there are no published surveys focused on fish community in this site. In this study we analyzed the spatio-temporal variation of the fish community in different areas of the marine park Xel-Há. Abundance and richness were estimated during one-year period (2012-2013); visual censuses using fixed transects of 100x5 m each distributed in 21 transects along five sites were established in different zones: "Bocana", "Center", "North branch", "Cave" and "River", including the inlet mouth to the sea, brackish mangrove channels and a zone with freshwater influence. To characterize the fish community, we used species richness, abundance, diversity, and density compared among zones and climatic seasons (rain, "norths" and dry). The similarity among zones and seasons was estimated using a multidimensional scaling analysis. The replacement on the species composition among seasons and sites was realized based on the presence-absence of fish. The influence of physicochemical variables such as temperature, salinity and dissolve oxygen concentration in the fish community was estimated by a principal component analysis. A total of 22 641 individuals were recorded corresponding to sixty-three species over the year. Abundance was higher during the windy season (locally named "norths") with 7 991 organisms. The most representative species according with abundance and frequency of occurrence were: Haemulon sciurus, H. flavolineatum, Lutjanus griseus, Acanthurus coeruleus, Abudefduf saxatilis, and Gerres cinereus. Diversity increased from the rainy to the dry season; species richness and diversity was lower in "River" than other sites in Xel-Ha. Most species (54 %) species were residents through the year. Four non-shared species were observed during the rainy season and three in dry season. Dissolved oxygen was the most influential variable on the fish community composition among zones. Xel-Ha houses nearly 20 % of fish biodiversity reported for the mexican Caribbean, and the predominance of juveniles of several species confirms its role as a nursery area. Rev. Biol. Trop. 64 (4): 1353-1367. Epub 2016 December 01.

Fishing effects on elasmobranchs from the Pacific Coast of Colombia / Efectos de pesca sobre elasmobranquios en el Pacífico colombiano / Efeitos sobre a pesca nos elasmobrânquios no Pacífico colombiano

During 1995, 2001, 2003, 2004 and 2007; we studied the temporal variation in the structure of the elasmobranch assemblage along the Colombian Pacific coast using: the community index of diversity, heterogeneity, equitability, species composition, average catch sizes, and mean trophic levels. A total of 1711 specimens from 19 species (7 sharks and 12 rays) were collected during the 90 trawling operations. The number of species captured varied between 7 (1995) and 12 (2007) demonstrating a trend towards an imbalance in the assemblage attributes. In 1995, the mean trophic level (TLm) of the assemblage was 3.60, but in 2007 it decreased to 3.55 when the functional level of large predators was absent (TL > 4). These results suggest changes in species composition, structural attributes, and a reduction of the highest functional level. Alterations to the catch proportions were also found: i.e. a greater abundance of rays of lower trophic levels. This study suggests an effect of trawling on the stability of this tropical coastal ecosystem.

Durante 1995, 2001, 2003, 2004 y 2007 estudiamos la variación temporal en la estructura de un ensamblaje de elasmobranquios a lo largo de la costa pacífica colombiana. Para ello utilizamos los índices de diversidad, heterogeneidad, equitatividad y composición de especies, así como el tamaño promedio de capturas y los niveles tróficos promedio. Se colectó un total de 1711 especímenes de 19 especies (7 tiburones y 12 rayas) durante 90 operaciones de pesca de arrastre. El número de especies capturadas varió entre 7 (1995) y 12 (2007), lo cual demuestra una tendencia hacia un desbalance en los atributos del ensamblaje. En 1995 el nivel trófico promedio (TLm) del ensamblaje fue de 3.60, pero en 2001 disminuyó a 3.55, cuando estuvo ausente el nivel funcional de grandes predadores (TL > 4). Estos resultados sugieren cambios en la composición de especies y en los atributos estructurales, y una reducción del nivel funcional superior. Se encontraron también alteraciones en las proporciones de captura, como una mayor abundancia de rayas de niveles tróficos inferiores. Este estudio sugiere un efecto de la pesca de arrastre en la estabilidad de este ecosistema tropical costero.

Durante 1995, 2001, 2003, 2004 e 2007 estudamos a variatilo temporal na estrutura da comunidade de elasmobranquios ao longo da costa pacífica colombiana usando o índice comunitário de diversidade, heterogeneidade, equidade, composic. So de espécies, tamanho médio das capturas e níveis tróficos médios. Um total de 1711 espécimes de 19 espécies (7 tubarões e 12 raias) foram coletadas durante as 90 operações de pescas de arrasto. O número de espécies capturadas variou entre 7 (1995) e 12 (2007), demonstrando uma tendencia ao desequilibrio nos atributos da comunidade. Em 1995, o nível trófico médio (TLm) da comunidade era de 3,60, mas em 2007 decresceu para 3,55 quando o nível funcional de grandes predadores estava ausente (TL ≥ 4). Estes resultados sugerem alterações na compostilo das espécies, em atributos estruturais e uma redução do mais alto nível funcional. Também foram encontradas alterações na propongo de capturas, ou seja, uma maior abundancia de raias de níveis tróficos mais baixos. Este estudo sugere um efeito da pesca de arrasto na estabilidade de este ecossistema costeiro tropical.

Consecuencias de la mortandad masiva del erizo Diadema mexicanum (Diadematoida: Diadematidae) sobre la comunidad íctica arrecifal en bahía La Entrega, Huatulco, México / Consequences of a mass mortality event of the sea urchin Diadema mexicanum (Diadematoida: Diadematidae) on the reef icthic community in Bahía La Entrega, Huatulco, Mexico

Resumen En los arrecifes de coral, existen especies claves que mantienen en equilibrio las comunidades. La ausencia de una especie clave genera cambios importantes en la estructura y dinámica comunitaria de los taxa coexistentes. En este estudio se analizó la comunidad íctica arrecifal durante un periodo posterior al evento de mortandad masiva del erizo Diadema mexicanum, reportado en mayo de 2009 en La Entrega, Huatulco. Se realizaron censos visuales mensualmente de agosto 2009 a julio 2010. Con datos previos (febrero 2006-enero 2007) en los que se usó la misma metodología y los de este estudio, se comparó la abundancia y riqueza de especies y se calcularon los índices de Diversidad de Shannon, Equidad de Pielou y Dominancia de Simpson entre el periodo previo y posterior al evento de mortandad. Se probó la existencia de diferencias significativas entre ambos periodos mediante MDS, PERMANOVA y SIMPER. Los resultados mostraron que existió un incremento significativo en la abundancia después del evento y el MDS y PERMANOVA mostraron que existen diferencias estadísticamente significativas en el ensamblaje de peces en La Entrega entre los dos periodos analizados. De acuerdo con el análisis SIMPER, la disimilitud observada entre periodos fue determinada por las especies Haemulon maculicauda, Thalassoma lucasanum, Selar crumenophthalmus y Stegastes acapulcoensis. Los resultados indican que el disturbio generado por la mortandad de D. mexicanum tuvo efectos importantes en la comunidad íctica de hábitos alimenticios similares, afectando importantemente a S. acapulcoensis y en menor grado a otros herbívoros como Scarus gobban y Prionurus punctatus, mientras que algunas especies carnívoras también incrementaron en abundancia, lo cual sugiere que la desaparición del erizo y en consecuencia su efecto competitivo, probablemente propició el incremento en otros invertebrados que constituyen alimento para las especies carnívoras.

Abstract Coral reefs have key species that control the community structure and composition, and exert influence on the stability and permanence of the reefs. When a key species is lost, there are important effects in the structure and diversity of the coexistent taxa. We analyzed the reef fish community in a period subsequent to the mass mortality event of the sea urchin Diadema mexicanum, reported in May 2009 in La Entrega, Huatulco, Mexico. Visual censuses were carried out monthly from August 2009 to July 2010 in order to record abundance and species richness. The data were used concurrently with data generated previously (February 2006-January 2007) in La Entrega using the same methodology in order to obtain community ecological Indices (Shannon´s diversity, Pielou´s evenness and Simpson´s dominance). Significant differences in fish assemblages regarding the periods before and after the die-off were tested using MDS, PERMANOVA, and SIMPER. The results showed a significant increase of abundance of fishes after the event of mass mortality, compared to the period previous to the event. There were significant differences in fish assemblages between periods.The dissimilarity between the periods was explained by the presence of Haemulon maculicauda (28.96%), Thalssoma lucasanum (22.17%), Selar crumenophthalmus (12.93%) and Stegastes acapulcoensis (11.44%). Our results suggest that the disturbance produced by the disappearance of D. mexicanum had important effects on the icthic community with feeding habits similar to those of the urchin, affecting more importantly to S. acapulcoensis and in less intensity to other herbivores such as Scarus gobban and Prionurus punctatus; meanwhile other fishes which are carnivores (for instance H. maculicauda) also increased importantly in abundance, suggesting that the disappearance of the urchin and in consequence its competitive effect, probably also propitiated a significant increase of other invertebrates which constitute the food source for carnivores. Rev. Biol. Trop. 63 (Suppl. 2): 159-171. Epub 2015 June 01.

The status of coral reefs and associated fishes and invertebrates of commercial importance in Pedro Bank, Jamaica / Estado de los arrecifes de coral y comunidades de peces e invertebrados con interés comercial asociadas al Banco de Pedro, Jamaica

The coral reefs located off the north coast of the Jamaican mainland are some of the best and most studied reefs in the world. Coral reefs of Pedro Bank, Jamaica were assessed in March, 2012 as part of the KSLOF Global Reef Expedition using a modified Atlantic and Gulf Rapid Reef Assessment (AGRRA) protocol. The main objectives were to: 1) characterize the distribution, structure and health of coral reefs; and 2) evaluate the population status of commercially important reef fishes and invertebrates. This work was conducted to assist in characterizing coral reef habitats within and outside a proposed fishery reserve, and identify other possible conservation zones. Within 20 reefs, live coral cover ranged from 4.9% to 19.2%. Coral communities were dominated by small corals (esp. Agaricia, Porites and Siderastrea) although many sites had high abundances of large colonies of Montastraea annularis and M. faveolata, and these were generally in good condition. A single area, within the proposed fishery reserve, had extensive Acropora cervicornis thickets, and several shallow locations had small, but recovering A. palmata stands. Macroalgal cover at all sites was relatively low, with only three sites having greater than 30% cover; crustose coralline algae (CCA) was high, with eight sites exceeding 20% cover. Fish biomass at all sites near the Cays was low, with a dominance of herbivores (parrotfish and surgeonfish) and a near absence of groupers, snappers and other commercially important species. While parrotfish were the most abundant fish, these were all extremely small (mean size= 12cm; <4% over 29cm), and they were dominated by red band parrotfish (Sparisoma aurofrenatum) followed by striped parrotfish (Scarus iseri). While coral communities remain in better condition than most coastal reefs in Jamaica, intense fishing pressure using fish traps (main target species: surgeonfish) and hookah/spear fishing (main target: parrotfish) is of grave concern to the future persistence of these reefs. The proposed fishery reserve encompasses some of the best coral reef habitat near the Cays, but this MPA should be expanded to encompass other habitats and MPAs should be considered for bank reefs at the northwestern end, as well as Banner Reef and Blowers Rock.

Los arrecifes de coral ubicados en la costa norte de Jamaica son los mejores y mas estudiados corales del mundo. Los corales de arrecife del Banco de Pedro, Jamaica, fueron evaluados en marzo 2012 como parte de la expedición global KSLOF utilizando una modificación del protocolo de estimación rápida de arrecifes para el Atlántico y el Caribe (AGRRA). Los objetivos principales fueron: 1) caracterizar la distribución, estructura y salud de los arrecifes de coral; y 2) evaluar la condición de las poblaciones de peces arrecifales e invertebrados de interés comercial. Este trabajo fue realizado con el propósito de colaborar en la caracterización de hábitats arrecifales, tanto dentro como fuera de un área sugerida como reserva marina, e identificar otras áreas de conservación. Para los 20 arrecifes, la cobertura de coral vivo varió entre 4.9% y 19.2%. Las comunidades de corales son dominadas por corales pequeños (Agaricia, Porites y Siderastrea), aunque en varias localidades se presentó una mayor abundancia de colonias grandes de M. annularis y M. faveolata, y estos se encontraban por lo general en buenas condiciones. Dentro de la reserva pesquera propuesta, una sola área presentó fragmentos de A. cervicornis, y varias localidades someras presentaron pequeños fragmentos de A. palmata, pero en proceso de recuperación. La cobertura de macroalgas en todas las áreas fue relativamente baja, solo tres lugares presentaron más de un 30%; la cobertura de algas coralinas calcárea (CCA) fue alta, ocho lugares excedieron el 20%. La biomasa de peces fue baja en todos los sitios cercanos a los cayos, y hubo dominancia de herbívoros (pez loro y cirujanos), y en general ausencia de chernas, pargos y otras especies de peces de interés comercial. Aunque los peces loro fueron los más abundantes, estos presentaron tamaños extremadamente pequeños (tamaño promedio = 12cm; <4% por encima de 29cm), y estuvieron dominados por el pez loro de banda roja (Sparisoma aurofrenatum), y por el pez loro de rayas (Scarus iseri). Mientras que las comunidades de coral permanecen en mejor condición que muchos de los arrecifes costeros de Jamaica, existe una intensa presión pesquera usando trampas de pesca (principal objetivo: cirujanos) y de compresores de aire (hookah)/ pesca con arpón (principal objetivo: pez loro) es preocupante, y compromete la persistencia y el futuro de estos arrecifes. La reserva marina (MPA) que se sugiere incluye algunos de los mejores hábitats de arrecife coralino cerca de los cayos, pero es recomendable que se amplíe para incluir otros hábitats y que se consideren áreas marinas protegidas en los bancos de arrecife del extremo noroeste, así como el arrecife Banner y Blowers Rock.

Heterogeneidad ambiental y su relación con la diversidad y abundancia de la comunidad de peces en un sistema costero del Golfo de México / Environmental heterogeneity and its relationship with diversity and abundance of the fish community in a coastal system of Gulf of Mexico

The coastal lagoons of Veracruz, Gulf of Mexico, include a great variety of biological resources. These resources, especially fish communities, have been barely described and that require more ecological studies. With this aim, this investigation analyzed the spatial and temporal variation of diversity, abundance and assemblages of the fish community and its relationship with physical-chemical parameters of the Chica-Grande coastal system. For this, eight defined sites were monthly sampled for water characteristics and fish community composition (10min hauls of 1 500m² a shrimp trawl net), between September 2005 and November 2006. The spatial-temporal variation of physical-chemical parameters, allowed the definition of two contrasting environments according to salinity, temperature, transparency, dissolved oxy-gen and depth gradients. A total of 1 947 fishes were collected for a total weight of 57.88kg. From these, 22 species, 20 genera and 14 families were identified; and four species were new records for the system. As it was detected for the physical-chemical conditions, the diversity of the fish community also showed a spatial gradient, with high values (H’=2.37, D=3.35, J’=0.82) in the brackish habitat, and low ones in freshwater environments. Fish abundance did not show such a marked gradient response, however, it was higher in the freshwater habitat. The highest diversity (H’=2.05) and species richness (D=2.99) was recorded during the North winds (“nortes”) months (November-February), while density and biomass were higher (0.034 ind./m², 1.42g/m²) during the rainy months (July-October). The Importance Value Index (IVI) defined six dominant species accounting for 77.8% of the fish abundance and 87.9% of total catch by weight. The Canonical Correspondence Analysis (CCA) showed that the fish-habitat relationship was explained by 68% of total variance for the two first axes, where salinity, transparency and temperature changes were the most important environmental variables in determining the fish community composition and distribution. In this study, spatial gradients of environmental variables explained the changes in fish species composition and abundance; while the temporal gradients, the fish community structure and its relationship with seasonal patterns of habitat use by the species during their life cycles.

Las lagunas costeras de Veracruz en el Golfo de México, incluyen gran variedad de recursos biológicos, por lo que requieren mayor conocimiento ecológico, especialmente para sus comunidades de peces. Esta investigación analizó la variación espacial y temporal de la diversidad, abundancia y asociaciones de la comunidad de peces y su relación con los parámetros físico-químicos del sistema lagunar Chica-Grande en Veracruz. Para esto, en ocho estaciones se muestrearon las características del agua y la composición de la comunidad de peces (lances de 10min con red de arrastre camaronera) entre septiembre 2005 y noviembre 2006. La variación espacio-temporal de los parámetros físico-químicos, permitió definir dos ambientes contrastantes de acuerdo con los gradientes de salinidad, temperatura, transparencia, oxígeno disuelto y profundidad. Se recolectaron un total de 1 947 peces con un peso de 57.88kg. De estos, se identificaron 22 especies, 20 géneros y 14 familias; y cuatro especies son nuevos registros para el sistema. Como se observó para las condiciones físico-químicas, la diversidad de la comunidad de peces también mostró un gradiente espacial, con valores altos (H’=2.37, D=3.35, J’=0.82) en el hábitat salobre y bajos en el ambiente más dulce. La abundancia de los peces no reflejó cambios marcados en el gradiente, no obstante, fue mayor en el hábitat más dulce. Durante los meses de “nortes” (Noviembre-Febrero) la diversidad (H’=2.05) y riqueza de especies (D=2.99) fue más alta, mientras que la densidad y biomasa fue mayor (0.034 ind./m², 1.42g/m²) durante los meses de lluvias (Julio-Octubre). El Índice de Valor de Importancia (IVI) definió 6 especies dominantes que representan el 77.8% de la abundancia numérica y el 87.9% de la captura total en peso. El Análisis de Correspondencia Canónica (ACC) mostró que la relación peces-hábitat fue explicada en un 68% de la varianza total para los primeros dos ejes, donde los cambios de salinidad, transparencia y temperatura fueron los factores ambientales que determinaron la composición y distribución de los peces en la comunidad. En este estudio, los gradientes espaciales de las variables ambientales permitieron explicar los cambios en la composición y abundancia de las especies, mientras que los temporales, la estructura comunitaria y su relación con los patrones estacionales de utilización de hábitats por las especies durante sus ciclos de vida.

Ictiofauna asociada a un arrecife somero en el Parque Nacional Morrocoy, Venezuela

Ichthyofauna associated to a shallow reef in Morrocoy National Park, Venezuela. Morrocoy National Park is one of the most studied coastal marine enviroments in Venezuela; however, efforts have been concentrated in south zone. In this study we select a shallow reef located in the north zone, characterized the benthic community and the structure of the fish community was studied using visual censuses. The benthic community was dominated by dead coral covered by algae (31%) and the live coral coverage was 12%. A total of 65 fish species belonging to 24 families were recorded, being Pomacentridae (43%), Scaridae (19%) and Haemulidae (15%) the most abundant families. Significant differences in the fish species abundances were found along the depth gradient, which could be related to the habitat characteristics, nevertheless herbivorous species dominance was evident at all depth strata. There seems to be a trend towards greater richness and density in the south zone reefs, and these differences may be related to the presence of extensive seagrass meadows and mangrove forests in that area or to differences in the recruitment patterns. Rev. Biol. Trop. 58 (Suppl. 3): 163-174. Epub 2010 October 01.

El Parque Nacional Morrocoy representa uno de los ambientes marino costero mejor estudiado en Venezuela, sin embargo, los esfuerzos se han concentrado en la zona sur. Se seleccionó un arrecife ubicado en la zona norte del parque, se caracterizó la comunidad bentónica y se realizaron censos visuales para describir la estructura de la comunidad íctica. Este arrecife presenta un grado de afectación intermedio al compararlo con otras zonas dentro del parque, siendo el sustrato dominante coral muerto cubierto por algas (31%) y la cobertura de coral vivo fue del 12%. La ictiofauna estuvo conformada por 65 especies pertenecientes a 24 familias, siendo Pomacentridae (43%), Scaridae (19%) y Haemulidae (15%) las más importantes. Se observaron diferencias significativas en las abundancias de la mayoría de las especies entre los estratos de profundidad, lo cual podría estar relacionado a características del hábitat. Sin embargo, la dominancia de las especies de herbívoros fue evidente en todos los estratos. Parece existir una tendencia a una mayor riqueza y abundancia en los arrecifes de la zona sur, y estas diferencias pueden estar relacionadas más que al estado del arrecife, a la presencia de una extensa zona de praderas y manglares en esa zona o a diferencias en los patrones de reclutamiento.

Peces criptobentónicos de arrecifes coralinos en el Parque Nacional Archipiélago de Los Roques, Caribe de Venezuela

Cryptobenthic coral reef fishes in Los Roques National Park, Caribbean of Venezuela. A significant portion of coral reef fish assemblages are composed of small cryptobenthic fishes, but these are poorly represented in regional fish characterization works. We characterized the cryptobenthic reef fish community associated with coral reef in Los Roques National Park during six week surveys. The study included 11 locations in which these fish were registered in transects of 10x2m. Specimens were collected using the suction method and a fine-mesh net. A total of 31 species of six families were collected (four Blenniidae, six Chaenopsidae, one Gobiesocidae, 12 Gobiidae, seven Labrisomidae and one Tripterygiidae). Six represented new records to the park, and Coralliozetus cardonae (Chaenopsidae) was a new record for Venezuela. The most important families were Gobiidae, Chaenopsidae and Labrisomidae. Cryptic fish assemblages changed with the reef environments, with a clear distribution pattern: some species were only observed in shallow areas of less than 5m depth, while in fringing and barrier reef areas, other species were present and differentially distributed between the reef crest and the seaward slope. These patterns probably are related to the close association that these small fish maintain with the benthos. Rev. Biol. Trop. 58 (1): 311-324. Epub 2010 March 01.

En los ambientes arrecifales, a pesar de que una proporción significativa de la ictiofauna está compuesta de pequeños peces criptobentónicos, estos están pobremente representados en los trabajos de caracterización regional. El objetivo de este estudio fue caracterizar la comunidad de estos peces asociados a diversos arrecifes coralinos en el Parque Nacional Archipiélago de Los Roques. El muestreo de seis semanas abarcó 11 localidades donde se censaron estos peces en franjas de 10x2m. Para la colecta de ejemplares se utilizó el método de succión y redes de mano. Se registraron 31 especies de seis familias (cuatro Blenniidae, seis Chaenopsidae, una Gobiesocidae, 12 Gobiidae, siete Labrisomidae y una Tripterygiidae), donde seis representaron nuevos registros para el parque, y Coralliozetus cardonae (Chaenopsidae) un nuevo registro para Venezuela. Las familias más importantes fueron Gobiidae y Chaenopsidae y Labrisomidae. Se observó un patrón de distribución de estos peces según los ambientes arrecifales: las especies de los bajos ambientes coralinos de profundidad menor a 5m, y las especies de los arrecifes franjeantes, que a su vez se distribuyeron diferencialmente entre la cresta arrecifal y el talud. Estos patrones probablemente se deben a la estrecha relación que estos peces mantienen con la comunidad arrecifal.